Comprendre le cadre du travail de recherche en laboratoire

Le doctorat est à la fois une formation par la recherche et une (Ouvre une nouvelle fenêtre) expérience professionnelle de recherche. Les doctorants et les doctorantes mènent des travaux de recherche originaux au sein des laboratoires qui les accueillent, ainsi que sur d'autres sites, par exemple lorsqu'ils comportent des études de terrain. Ils collaborent et échangent avec d'autres chercheurs. Ils produisent des résultats, les publient, les présentent lors de conférences nationales ou internationales, etc.

Plusieurs cadres ont été conçus spécifiquement pour le doctorat :

Mais d’autres types de contrats ou conventions peuvent également être mobilisés, afin de s’adapter à toute la diversité des situations rencontrées.

Cette page vous explique à quoi servent ces contrats et conventions et ce qu'ils contiennent, pour vous permettre de les lire avec un œil averti, notamment sur les questions suivantes :

La rémunération du doctorant ou de la doctorante

La question de la rémunération des travaux de recherche menés au sein du laboratoire doit être traitée dans le contrat ou la convention qui encadre l'accueil du doctorant ou de la doctorante au sein du laboratoire.

Pour les contrats doctoraux de droit public, la rémunération est fixée par arrêté ministériel. Au 1er janvier 2026, elle s’élève à (Ouvre une nouvelle fenêtre) 2300€ brut par mois.

Ce montant sert de référence pour d’autres types de contrats ou conventions, comme les Cifre, pour lesquelles il constitue le niveau minimum de rémunération.

Il est également possible de préparer un doctorat sans financement dédié, en parallèle d’une activité professionnelle principale. Cela concerne, par exemple, des doctorants qui préparent leur doctorat en formation continue, parfois avec plusieurs années d'expérience professionnelle, à temps partiel ou à temps plein, mais en conservant leur contrat de travail initial et leur rémunération, avec parfois des aménagements de leur contrat (sur leurs missions ou leurs lieux de travail).

Même lorsque le doctorant ou la doctorante n'a pas (ou plus) d'activité professionnelle rémunérée (retraité, par exemple), sa situation financière doit être connue et compatible avec la préparation du doctorat.

Quelle que soit la situation, lors de l’inscription annuelle en doctorat, le directeur ou la directrice de l’école doctorale doit s’assurer que les (Ouvre une nouvelle fenêtre) conditions financières sont réunies pour permettre le bon déroulement du doctorat.

Ses activités et missions

Le contrat de travail, la convention de séjour de recherche ou une convention de collaboration avec le laboratoire précise l'objet des travaux du doctorant ou de la doctorante au sein du laboratoire : préparer un doctorat sur un sujet donné.

1) Préparer un doctorat comprend implicitement un ensemble d’activités communes à tous les doctorants, allant de la réalisation des travaux de recherche liés au sujet de la thèse jusqu’à la soutenance en passant par les activités de formation doctorale collectives. Le doctorat étant à la fois une période de formation par la recherche et une expérience professionnelle de recherche, les activités d'un doctorant ou d'une doctorante englobent également sa participation active aux collectifs professionnels que sont son laboratoire et sa communauté scientifique, notamment à travers les séminaires, les réunions d’équipe, les colloques et les conférences.

2) Lorsque des modalités de recherche particulières sont prévues, des clauses spécifiques doivent généralement figurer dans le contrat ou la convention. Cela concerne notamment:

  • les thèses menées en collaboration avec une entreprise ou un autre type de partenaire socio-économique,
  • les travaux de recherche nécessitant des études de terrain (en géologie, océanographie, sociologie, etc.) et/ou des mobilités longues à l'étranger,
  • les recherches requérant des autorisations spécifiques ou des avis éthiques (médecine, science de l’éducation, etc.).

3) Enfin, des activités complémentaires peuvent être prévues dans le contrat ou la convention qui encadre le travail de recherche en laboratoire, telles que:

  • l’enseignement (dans la limite de 64 heures annuelles de travaux dirigés),
  • la médiation scientifique,
  • l’expertise,
  • ou des activités de valorisation de la recherche (dans la limite de 32 jours de travail effectif par an),

sous réserve que toutes les conditions soient réunies (par ex. de niveau de langue pour l'enseignement, de titre de séjour pour la création d'entreprise...).

Les conditions et l'environnement de travail

1) Lorsque le doctorant ou la doctorante a un contrat de travail pour préparer son doctorat, ses conditions et son environnement de travail sont encadrés par le droit du travail général, ainsi que par les accords sectoriels ou les cadres spécifiques applicables aux secteurs public et privé.

Cela couvre notamment le temps de travail (durée légale, horaires, etc.), la gestion des congés (annuels, maladie, maternité/paternité, etc.), la gestion des déplacements et des missions, les modalités de télétravail, la protection en cas d’accident du travail, ainsi que l’accès aux services et infrastructures (restauration, médecine du travail, environnement numérique, etc.).

Cependant, pour des travaux de recherche doctorale, il peut s'avérer nécessaire de compléter ce cadre dans certains cas, par exemple:

  • lorsque l’employeur est distinct de la tutelle "hébergeante" du laboratoire (pour l’accès aux services de restauration du site ou à l'environnement numérique),
  • pour les études de terrain impliquant des travaux en dehors du laboratoire (déplacements, hébergement, assurances spécifiques, etc.)
  • ou lorsque des activités sont prévues sur plusieurs sites (séjours dans un laboratoire partenaire en France ou à l'étranger).

2) Pour les doctorants qui n'ont pas de contrat de travail pour la préparation de leur doctorat, par exemple, ceux qui préparent leur thèse à temps partiel en parallèle d’une activité professionnelle principale, les doctorants retraités ou d'autres situations analogues, ces questions ne sont pas couvertes par défaut.

Des dispositions particulières doivent alors être prévues dans la convention qui encadre leur séjour et leur travail dans le laboratoire, par exemple pour la gestion de leurs congés, pour la prise en charge de leurs frais de mission (transport, hébergement, etc.), pour la couverture en cas d’accident survenu dans le laboratoire, pour l’accès aux services du laboratoire, etc.

Les publications et communications

Le contrat de travail ou la convention encadre également les modalités de publication et de communication scientifique des travaux du doctorant ou de la doctorante.

Celui-ci ou celle-ci ne communique ni ne publie à titre personnel, mais sous l’affiliation de son laboratoire d’accueil, ce qui engage la responsabilité scientifique et institutionnelle de ce dernier. Cette affiliation sert, par exemple, à permettre au doctorant ou à la doctorante de faire appel à la (Ouvre une nouvelle fenêtre) protection fonctionnelle, s'il ou elle est poursuivi(e) en raison de ses activités de recherche dans le cadre de son doctorat (sujets de thèse portant sur des questions sensibles ou sur des terrains localisés dans des pays sensibles…). Un circuit d’approbation préalable peut être prévu dans le contrat ou la convention.

La convention peut également préciser d'autres points en lien avec les publications et communications :

  • les canaux de publication privilégiés, le cas échéant des modalités d'application de la politique de science ouverte,
  • des règles de citation des auteurs, du laboratoire, des financeurs ou de collaborateurs,
  • les modalités de déclaration des liens d'intérêt,
  • des règles sur l'identité visuelle (logos, charte graphique),
  • la prise en charge ou la non-prise en charge d'éventuels frais de publication,
  • des délais et des modalités de diffusion (embargo, dépôt dans des archives ouvertes, respect du règlement relatif à l'accessibilité numérique, etc.)
  • ou encore des modalités de signalement des publications, pour le suivi de la production scientifique des parties prenantes du projet doctoral.

Ces dispositions visent à protéger les intérêts du doctorant ou de la doctorante, de son directeur ou de sa directrice de thèse, du laboratoire et des autres partenaires.

La propriété intellectuelle

La propriété intellectuelle dépend du cadre de préparation du doctorat. Le doctorant ou la doctorante conserve, dans tous les cas, un droit moral inaliénable sur ses travaux (reconnaissance de la paternité, respect de l’intégrité de l’œuvre). En revanche, les droits patrimoniaux sont répartis différemment selon les cadres. (Ouvre une nouvelle fenêtre) Les droits patrimoniaux sont cessibles et peuvent être cédés à un exploitant.

Clarifier la propriété intellectuelle des travaux de recherche réalisés pendant le doctorat, des données collectées et des résultats obtenus est essentiel pour toute activité de valorisation de la recherche, à des fins commerciales ou non, pendant ou après le doctorat.

1) Si le doctorant ou la doctorante a un contrat de travail dédié à la préparation de la thèse, l’employeur détient par défaut les droits patrimoniaux, mais des dispositions différentes peuvent être prévues selon les situations. Pour les thèses Cifre par exemple, la convention de collaboration fixe généralement une répartition des droits patrimoniaux entre les partenaires (employeur, tutelles du laboratoire...). Dans les conventions de mécénat, il est précisé que le mécène, même s'il est l'employeur du doctorant ou de la doctorante, ne revendique aucun droit patrimonial sur les résultats de recherche.

2) Avec une convention de séjour de recherche, les droits patrimoniaux sur les résultats de la recherche peuvent appartenir au laboratoire d’accueil, notamment s’ils découlent de l’utilisation de ses ressources (équipements, données, financements). Dans ce cas, cela doit être précisé dans la convention.

3) Lorsque le doctorant ou la doctorante est salarié d’un employeur pour une activité professionnelle distincte de sa thèse, cet employeur n’a pas de droit d’exploitation automatique sur les résultats de la thèse, sauf si un lien direct existe entre l’activité professionnelle et le sujet de recherche. Un article de la convention entre ces acteurs permet de clarifier à l'avance la propriété intellectuelle dans ces situations et de prévenir des conflits ultérieurs à ce sujet.

La gestion de la confidentialité ou de l'ouverture des données et des résultats, leur archivage et leur protection

Le contrat ou la convention encadrant le projet doctoral comporte généralement des clauses de confidentialité portant sur l'ensemble des informations auxquelles le doctorant ou la doctorante, ainsi que les autres participants au projet doctoral, peuvent avoir accès au cours du projet.

Cela protège des travaux non encore publiés, d'éventuels brevets, ainsi que des informations sensibles ou confidentielles (par exemple relatives à des personnes participant en tant que sujets à des projets de recherche) dans le laboratoire ou chez un partenaire.

Le contrat ou la convention peut également prévoir la possibilité d'un classement confidentiel de la thèse. Dans ce cas, la durée de la période de confidentialité doit être précisée et cohérente avec la nature des informations à protéger.

Le contrat ou la convention peut aussi prévoir :

  • des obligations d’ouverture et de diffusion des résultats, notamment l'usage de logiciel ouverts pour la réalisation des travaux et la rédaction de la thèse, pour le dépôt des publications, des données et des codes dans des archives ouvertes (ex. : HAL, Zenodo), pour la diffusion ouverte de la thèse et d'autres dispositions mettant en oeuvre les politiques de science ouverte de l'UE et de l'État français, ainsi que les consignes des financeurs (ANR, Horizon Europe),
  • des obligations liées à la conservation et à l'archivage des travaux en cours, des données de recherche et de la thèse, qui peuvent comprendre des éléments liés à l'environnement numérique de travail (par exemple : modalités de sauvegarde), la mise en place d'un plan de gestion des données, la tenue d’un cahier de laboratoire (ou d’un registre numérique), garantissant la traçabilité des expériences, des données brutes, des corpus et des méthodes employées etc.
  • des dispositions de mise en application du RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données) lorsque la collecte et/ou le traitement de données personnelles sont prévus dans les travaux, notamment la désignation d’un délégué ou d'une déléguée à la protection des données (DPO) et la mise en place de protocoles sécurisés,
  • des dispositions de mise en application du RGAA (Référentiel général d’amélioration de l’accessibilité numérique) pour assurer l’accessibilité numérique des productions scientifiques et de la thèse aux personnes en situation de handicap.

Le cadre déontologique, d'intégrité scientifique et d'éthique de la recherche

Enfin, le doctorant ou la doctorante est tenu de se conformer au cadre de la science responsable. Cela comprend :

  • L’intégrité scientifique qui garantit le caractère honnête et rigoureux des activités de recherche, de la réalisation des travaux jusqu'à la diffusion des résultats et qui est essentielle au bon fonctionnement des communautés scientifiques et à la confiance dans la recherche de la société,
  • L’éthique de la recherche, qui interroge les conséquences potentielles de la recherche sur les personnes, la société et l’environnement, les sujets de recherche et les chercheurs, depuis les objectifs jusqu’aux éventuelles applications, en passant par la réalisation des travaux. Certains domaines disposent de cadres éthiques spécifiques : recherches impliquant des participants humains, expérimentation animale, données personnelles, recherche en mer, recherche sur des matériaux radioactifs...
  • La déontologie qui renvoie aux obligations propres à l’exercice d’une profession, telles que la gestion des conflits d’intérêts, l'exercice des libertés académiques, les principes de laïcité et de neutralité du service public, etc.

Ces principes sont encadrés par des textes internationaux et nationaux, des chartes, des lois, de la réglementation nationale et interne aux universités et établissements et aux organismes nationaux de recherche d'accueil.

Mais, comme pour les autres sujets, des précisions peuvent être nécessaires pour traiter des cas particuliers dans une convention de collaboration ou un contrat.

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